Efter C12 kom Pagani med C12-S der I bund og grund bare fik en motor opgradering, med en AMG V12 i stedet for standard Mercedes V12. Pagani ville gerne gøre C12 til en rigtig superbil, så han bad AMG om at levere flere M120 V12 7,0 motorer. Det gjorde helt klart en forskel i bilens ydelse, Zonda C12-S accelererede til 100 km/t på kun 3,7 sek.
| Motor | Center monteret M 120 E 72 AMG 60° V12, DOHC med 3 ventiler pr. cyl. indsprøjtning |
| Volumen | 7010 ccm |
| Effekt | 410,1 kw / 550 hk ved 5500 o/min |
| Moment | 750 nm ved 4100 o/min |
| Karosseri / Chassis | Kulfiber og stål |
| Fordæk | 255/40 ZR-18 |
| Bagdæk | 345/35 ZR-18 |
| Bremser | Ventilerede skiver |
| Styring | Tandstang |
| Affjedring | Dobbelte wishbones med spiralfjedre, støddæmpere, anti-roll stang |
| Vægt | 1350 kg |
| Akselafstand | 2730 mm |
| Sporvidde for | 1675 mm |
| Sporvidde bag | 1660 mm |
| Længde | 4345 mm |
| Bredde | 1933 mm |
| Højde | 1151 mm |
| Gearkasse | 6-trins |
| Top hastighed | ~340 km/t |
| 0 – 100 km/t | ~3,7 sek |
