Zonda C12 var den første bil produceret af Pagani Atelier og blev præsenteret ved 1999 Geneva Motor Show. Denne eksotiske coupe havde en forrude, der var kurvet I alle retninger, og interiøret var ligeså fantastisk, det mindede mest om noget der var inspireret af et jagerfly. Pagani udnyttede sin erfaring fra Lamborghini, og brugt så meget kulfiber som muligt i den første Pagani. “Formen skulle være sensuel, skærmkasserne skulle minde om en kvindes bryst, bagenden om hendes hofter,” udtalte Horacio Pagani. “Indvendigt skulle sæderne formes som en omvendt pyramide, så de smyger sig om skuldrene, og giver manden en fornemmelse af styrke, og kvinden beskyttelse.”

MotorCenter monteret M 120 E 60 60° V12, DOHC med 4 ventiler pr. cyl. indsprøjtning
Volumen5987 ccm
Boring89 mm
Slaglængde80,2 mm
Effekt298,3 kw / 400 hk ved 5200 o/min
Moment570 nm ved 3800 o/min
Karosseri / ChassisKulfiber og aluminium
Fordæk255/40 x 18
Bagdæk345/35 x 18
BremserVentilerede skiver
StyringTandstang
AffjedringDobbelte wishbones med spiralfjedre, støddæmpere, anti-roll stang
Vægt1250 kg
Akselafstand2730 mm
Sporvidde for1675 mm
Sporvidde bag1660 mm
Længde4345 mm
Bredde2055 mm
Højde1151 mm
Gearkasse6-trins
Top hastighed~300 km/t